Som andre steder i landet opstod der i Kerteminde i begyndelsen af 1900-tallet interesse for at oprette et lokal museum, men først i 1935 søsættes så det initiativ, der fører til dannelse af en museumsforening – og efterfølgende til byens første museum. Planerne var at indrette et museum i en gammel bindingsværksgård, der lå midt i byen.
23/2 1935 afholdtes der stiftende generalforsamling og 240 havde meldt sig ind i den nye forening. Foreningens første opgave var at købe bygningen til det nye museum samt påbegynde indsamling af genstande til den kulturhistoriske afdeling.
6. maj 1937 åbnedes det nye museum for publikum og indeholdt både en kulturhistorisk og en kunsthistorisk afdeling. Museet formand fra 1937 til hans død i 1961 var maleren Johannes Larsen, og han startede med at donere et antal malerier, hvilket medførte at byens mange andre kunstnere også gav deres bidrag til kunstsamlingen, hvilket betød at det lille nye provinsmuseum kunne præsentere en perle af en kunstsamling omfattende nogle af landets fremmeste kunstnere.
Alt museumsarbejde skulle udføres i fritiden og på frivillig basis, så naturligvis var de første år svære, men allerede i 1939 var der åbent 6 dage om ugen – dog kun i sommermånederne.
I forbindelse med en ny museumslov i 1959 bliver museet statsanerkendt, men desværre kunne bestyrelsen ikke efterkomme de krav, der stilledes i den forbindelse, så statsanerkendelsen bortfaldt igen. Først ca. 25 år senere blev museet endelig statsanerkendt, fordi et målrettet arbejde for havde gjort museumsdriften i Kerteminde mere professionel, bl.a. gennem ansættelse af fagligt personale og i 1982 fik museet sin første heltidsansatte inspektør, den nuværende direktør for Østfyns Museer, Erland Porsmose.
Det var også på højeste tid, at det frivillige bestyrelsesarbejde blev suppleret med professionel assistance. Antallet af medlemmer var i 1978 nået et lavpunkt med kun 98 medlemmer, men siden midten af 80’erne, hvor museumsforeningens aktiviteter var steget voldsomt, bl.a. da foreningen overtog Johannes Larsens hjem på Møllebakken. Her åbnedes i 1986 et museum, som både rummede kunstsamlingen fra byens første museum og en stor del af den samling, der allerede fandtes på Møllebakken. Ligeledes overtog foreningen Svanemøllen, som også hørte til bygningskomplekset på Møllebakken. Museet på Møllebakken har siden været igennem to store udvidelser. Dels for at kunne rumme den store samling, som blev doneret museet af ægteparret Tulle og Nan Due Nielsen og dels for at få plads til skiftende særudstillinger.
Skiftende bestyrelser og medlemmer har således gennem årene været med til at sikre og udvikle museumsdriften i Kerteminde, som i 1994 blev udvidet med en arkæologisk afdeling, da museet overtog Ladbyskibsmuseet fra Nationalmuseet.
I 2009 bliver museerne i Kerteminde og Nyborg fusioneret i Østfyns Museer og Museumsforeningerne i henholdsvis Kerteminde og Nyborg ændrede status til støtteforeninger for museerne i Kerteminde og Nyborg. Som en del af aftalen blev det vedtaget, at de to gamle museumsforeninger i fremtiden hver skulle udpege 3 repræsentanter til Østfyns Museers bestyrelse, som desuden består af 2 repræsentanter fra Nyborg Kommune og 2 repræsentanter for Kerteminde Kommune. Formandskabet går på skift mellem de to museumsforeninger.
Kerteminde Museumsforening i dag.
Udviklingen af museumsdriften i Kerteminde kan også aflæses af Museumsforeningens medlemstal.
Fra lavpunktet i 1978 er medlemstallet siden støt steget – især efter etableringen af museet på Møllebakken, så foreningen har i dag 3069 medlemmer fordelt på 2083 enkelt- og 986 dobbeltmedlemsskaber.
Foreningens formål i dag er at støtte Kertemindeegnens museer. Det sker på flere måder. Bl.a. overføres hvert år et beløb svarende til én entrébillet pr. medlem som støtte til museernes drift. Desuden støtter foreningen indkøb af nyanskaffelser til museerne, trykning af bøger m.m.
Foreningens medlemmer får en del fordele ved at være medlemmer af foreningen. Først og fremmest gratis adgang på museerne under Østfyns Museer – men også rabatter til en række andre fynske museer. Desuden modtager medlemmer hvert år et årsskrift, løbende informationer om aktiviteter på museerne og invitationer til ferniseringer og medlemsarrangementer.
Museumsforeningens mange medlemmer er et vigtigt fundament for museerne i Kerteminde. Medlemmerne er hyppige gæster og gode ambassadører for museerne og mange vælger at bakke endnu mere aktivt op ved at påtage sig frivillige jobs i relation til museerne. F.eks. har frivillige på Vikingemuseet i Ladby bygget vikingeskib og broderet en fantastisk fortælling om skibet. På Møllebakken møder man frivillige værter og kustoder, ligesom det er grupper af frivillige omkring Svanemøllen og Johannes Larsens store køkkenhave. Aktiviteter, som er med til at supplere det store professionelle faglige arbejde – til gavn for foreningens mange medlemmer – og museerne øvrige gæster.